Мне удалось обойти это, используя составной ключ.
У меня была похожая проблема с таблицей, содержащей только два столбца: имя пользователя, роль.
Эта таблица, очевидно, не требует столбца идентификаторов. Итак, я создал составной ключ с именем пользователя и ролью. Это позволило мне использовать LINQ для добавления и удаления записей.