Это интересный вопрос. По моему личному опыту, с svg webkit работает быстрее, но я могу ошибаться.
Я создал тестовую скрипку с переходами CSS, и они выглядят примерно одинаково, возможно, кто-то с большим опытом может расширить случай стресса:
http://jsfiddle.net/KLCEw/
Имейте в виду, что SVG-градиенты лучше всего внедрять через data-uri, чтобы они не создавали новые запросы к серверу.