Q1: вы можете автоматически получать сообщения из MSMQ, вам нужно будет взглянуть на привязку netmsmq, есть некоторые соображения, которые следует учитывать при проектировании, если вы привыкли к собственному MSMQ, вы знаете, что у вас есть способность заглядывать в сообщения. Но когда вы используете WCF, вы теряете эту способность заглядывать. WCF будет перехватывать сообщения в MSMQ, и вы несете ответственность за синхронизацию службы WCF и приложения для просмотра.
Вам также необходимо выяснить, нужны ли вам транзакционные или нетранзакционные очереди, и вам придется изменить свою привязку на основе этого.
Q2: Вам нужно будет разместить службу WCF в службе Windows или в IIS7. если вы размещаете в IIS7, изучите возможность включения прослушивателя MSMQ WAS
Вот хорошая статья:
http://blogs.msdn.com/tomholl/archive/2008/07/12/msmq-wcf-and-iis-getting-them-to-play-nice-part-1.aspx