IE имеет проблемы с SWF-файлами. Попробуйте этот код, который работает для меня. Замените X и Y на ширину и высоту, а [SOURCE SWF] на исходный файл.
<!--[if IE]>
<object width="X" height="Y" type="application/x-shockwave-flash" data="[SOURCE SWF]" name="Web" style="width: Xpx; height: Ypx;" id="flash">
<param name="movie" value="[SOURCE SWF]">
<param name="quality" value="high"> <param name="bgcolor" value="#FFFFFF">
<param name="allowScriptAccess" value="always">
<!--[endif]-->
Затем поместите это прямо ниже для браузеров не IE:
<!--[if !IE]> -->
<object width="X" height="Y" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/
pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000">
<param name="SRC" value="bookmark.swf">
<embed src="[SOURCE SWF]" height="X" width="Y"> </object>
<!-- <![endif]-->