Вы можете использовать Remote Debug для отладки Java-программы, которую вы запускаете из сценария оболочки.IDEA предложит вам список опций JVM, добавьте их в сценарий оболочки, где вы называете Java VM.Если функция приостановки включена, приложение будет ожидать подключения отладчика IDEA, чтобы вы могли подключиться, запустить сеанс отладки и остановиться на точках останова.
Невозможно отладить сам скрипт оболочки в IDEA.