Я был в подобной ситуации раньше. Моя рекомендация будет заключаться в том, чтобы запустить ваш HTML через инструмент проверки HTML, пока вы делаете это. Мой любимый вот этот:
http://validator.w3.org/
Существует также плагин Firefox, если вам нужно пройти аутентификацию или использовать какой-то другой механизм для доступа к странице (и этот сайт не может получить прямой доступ к вашему сайту).
Если описанная вами «функциональность» на самом деле является одной из многих недокументированных функций (ошибок) IE, вы не сможете сделать ваши стандарты HTML совместимыми и продолжать работать. Вполне вероятно, что у вас есть несколько нестандартных фрагментов кода, и обработка ошибок, специфичная для IE, - это то, что вообще заставляет вашу страницу функционировать. Различные браузеры по-разному обрабатывают условия ошибок (поскольку по определению условия ошибок выходят за рамки типа документа).
Чтобы повторить, попробуйте сделать так, чтобы ваш HTML прошел какую-то проверку, а затем подумайте о добавлении функциональности обратно. Мой опыт показал, что ошибки обычно приводят к подобным проблемам, которые вы описываете.
Это правило № 1, с которым я столкнулся при веб-разработке. Страница должна быть подтверждена для определенного типа документа.
Удачи!
-Брайан Дж. Стинар-