У вас есть AppEngine в папке плагинов Eclipse?При создании проекта в Eclipse, он покажет вам диалоговое окно, где вы можете выбрать App Engine для GWT, если вам нужно для вашего проекта.Или Вы можете настроить из диалогового окна [Configure Sdks ... ссылка].Вам необходимо указать правильный каталог SDK, например: plugins \ com.google.appengine.eclipse.sdkbundle_1.2.0.v200904062254 \ appengine-java-sdk-1.2.0.