Я не знаю, есть ли простой API для его отключения. Я думаю, что вам, возможно, придется пройти через API диспетчера устройств. SetupDiSetDeviceRegistryProperty + SPDRP_CONFIGFLAGS + CONFIGFLAG_DISABLED выглядит перспективным.
Есть также несколько предложений здесь .