Мне кажется, что вы говорите, что у JUnit возникли проблемы, потому что интерфейсы не находятся на пути к классам?
Обычным ответом будет поместить их туда.
Быстрый и грязный ответ мог бы заключаться в том, чтобы поместить путь к классам для неинструментированных классов в путь к классу juint ПОСЛЕ пути к инструментированным классам.Загрузчик классов должен использовать первое найденное совпадение, поэтому инструментальные реализации будут использованы вместо неинструментированных реализаций, но интерфейсы все равно будут доступны.
Если это решит вашу проблему, вы можете захотетьзамените быструю и грязную на что-то более надежное, например, сделав интерфейсы доступными в jar, отдельном от реализации.