Как вы называете java?
Вы помещаете -Djava.util.logging.config.file = / logging.properties в вашу команду java?
Если нет, это будетигнорируйте ваши logging.properties и регистрируйте все.
.level = ALL на собственной строке используется в качестве глобального уровня, например: -
handlers=java.util.logging.ConsoleHandler
java.util.logging.ConsoleHandler.level=INFO
java.util.logging.ConsoleHandler.formatter=java.util.logging.SimpleFormatter
.level=SEVERE
mypackage.level=INFO
будет регистрировать только сообщения INFO отmypackage и отделить от всего остального.