Есть способ
1-й встраивает ваше приложение, используя SWFObject .
когда вы хотите изменить размеры, просто вставьте его снова с новыми размерами.
SWFObject имеет отличную документацию и хорошо продуманную JS API .
Второе, что вам нужно сделать, это передать ширину и высоту в приложение flex и установить высоту и ширину просто с помощью
application.width = x;
application.height = y;