Андреф дал правильный ответ, чтобы устранить это предупреждение, но вы можете понять, почему существует это требование.
Фактически, каталог сборки должен находиться на том же уровне папок, что и проект (то есть он не может быть выше или ниже). Причина в том, что компоновщик вызывается из каталога сборки. Следовательно, любые относительные пути к файлам библиотеки будут отличаться от тех, которые вы указали в файле проекта.
Это вроде отстой. Мне нравится помещать все промежуточные файлы в их собственную папку. Но вы просто не можете с qmake.