Если задача запускается, когда приложение находится на переднем плане, и вы вызываете соответствующие методы beginBackgroundTask / endBackgroundTask, вы должны иметь возможность продолжить ее выполнение после того, как приложение будет фоновым.
Обратите внимание, что доступ к USB ограничен (см. Ответ Джерера) и что нет официально разрешенного способа обмена данными между различными приложениями на одном устройстве. Кроме того, вы можете купить / загрузить только одно приложение за раз в App Store, и я не вижу, чтобы Apple одобрила приложение, которое требовало от вас загрузки второго приложения, чтобы оно работало. Таким образом, сначала вам придется решить более серьезные проблемы.