Это скорее обходной путь, чем реальное решение, но оно выполнимо.
Пара разных решений
Дело № 1
Как насчет создания отдельного слоя div и отдельного SWF-файла, показывающего его как окно wmod, в котором должно отображаться диалоговое окно, а затем, как только пользователь предоставил явные разрешения для этого диалогового окна, вы вызываете функцию JavaScript, которая удаляет первый слой, приносит второй слой, где у вас есть основной SWF в прозрачном режиме.
Дело № 2
Грязно, но вы могли бы показать iframe, который показывает эту страницу настроек прямо под вашим SWF, и таким образом вы не заставляете своих пользователей выходить на новую страницу.
Я понимаю, что ни одно из этих решений не является реальным, но, надеюсь, они могут служить временными обходными путями до тех пор, пока не будет исправлено окончательно.