Вы не указали, с какой версией (версиями) IE у вас были проблемы, но более ранние версии IE, как известно, имеют ошибки и отсутствуют функции с PNG.
В частности, IE6 вообще не поддерживает прозрачность PNG, и в IE7 есть ошибки.
Существует ряд хаков на основе Javascript для решения этой проблемы в IE. Вот ссылка на один из них: http://www.twinhelix.com/css/iepngfix/ - но есть ряд других, которые выполняют ту же работу.
Если у вас возникли проблемы с Firefox после запуска графики через tweakPNG, я думаю, что tweakPNG слегка повредил графику.
Мое предложение было бы попытаться вернуться к исходной версии графики и попробовать взлом, который я связал выше в IE.