Да, это возможно в VS2010, но нет интерфейса для создания подмножества. Вместо этого вам нужно либо указать список включений / исключений через свойство CodeAnalysisAdditionalOptions MSBuild (используя параметр командной строки / types, который будет использоваться при запуске FxCopCmd.exe), либо через файл проекта .fxcop, указанный в MSBuild CodeAnalysisProject. свойство.
Последний подход вызвал проблемы в VS2008, поскольку FxCop попытался бы загрузить целевую DLL дважды, если она была включена в файл проекта. Я не пробовал его в VS2010, но, безусловно, стоит попробовать, прежде чем прибегать к подходу CodeAnalysisAdditionalOptions.
N.B .: Это точно такой же ответ, уже предоставленный на http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/vstscode/thread/fd431e4d-401d-4b5b-b07d-144198e0dc30.