Мне нравится yEd .Он имеет простой, но мощный интерфейс с большим количеством опций.Поместите в коробки, маркируйте их и соедините их стрелками.Затем используйте иерархическую, инкрементную компоновку для их размещения.Это Java и может быть опробован в Интернете.