Если значение asp.net HidenField webControl имеет значение, все, что вам нужно сделать, это следующее:
Страница aspx:
<asp:hiddenfield id="hf_MyValue"
value="whatever"
runat="server"/>
cs page:
string value = hf_MyValue.Value;
Если вы хотите что-то сделать со значением, когда оно назначено, обработайте событие onValueChanged:
<asp:hiddenfield id="hf_MyValue"
onvaluechanged="ValueHiddenField_ValueChanged"
value="whatever"
runat="server"/>
Хотя вы МОЖЕТЕ использовать значение asp.net HiddenField, установленное с помощью javascript в C #, убедитесь, что вы понимаете, что это можно сделать только после обратной передачи.
Вот некоторая информация об отношениях клиент / сервер. Javascript и C # соответственно в вашем вопросе.