Начиная с EF CTP4, не может «выборочно удалять таблицы» вместо воссоздания базы данных.
Тем не менее, в финальной версии EF Code First появилось несколько новых функций, которые (будем надеяться) позволят вам достичь того, что вы ищете, например, возможность писать свои собственные сценарии SQL при переопределенииМетод Seed в инициализаторе или функция Code First Database Evolution , над которой в настоящее время работает группа, которая будет развивать схему базы данных по мере изменения вашей объектной модели с течением временивоссоздать его.