Я не хотел бы отвечать на свой вопрос, но после дня, когда я пытался решить эту проблему, я решил опубликовать ответ на тот случай, если у кого-то еще возникнет такая же проблема.
В конце концов я избавился от всех своих областей из своего приложения и просто получил базовую маршрутизацию Global.asax. Когда я запустил приложение, я увидел в отладчике маршрутов, что коллекция маршрутов все еще заполняется маршрутами из уже не существующих областей. Попробовав многие вещи, включая удаление всего из моих временных файлов ASP.NET, возни с IP AppPools и очистку данных браузера, я наконец нашел ответ.
Я удалил все из папки bin для веб-сайтов, сделал перестройку и низкий уровень, и вот, маршруты пропали. Я восстановил свои области с описанным конфигом, и все работает как надо.
Я понятия не имею, почему мое приложение MVC держалось и заполняло старые маршруты, но как только мой бен был очищен, и новые dll создали, все работало как должно. Если кто-нибудь там знает, почему это может быть, то мне было бы очень интересно.