Если средство форматирования кода предназначается для HTML, оно фактически изменит вывод сценария.Можно подумать, что пробелы в HTML не имеют никакого эффекта, но в некоторых редких случаях это имеет место, например, внутри тегов pre или textarea.Я полагаю, что средство форматирования кода PHP в Netbeans просто недостаточно умно и поэтому лучше полностью игнорирует HTML.