Если я правильно понимаю, вы можете сделать то, что вы хотите сделать, с помощью следующего:
A[[[-1],[0],[1]],[2,3,4]] += np.ones((3, 3))
Тем не менее, numpy люди сделали функцию, ix_, чтобы сделать это немного проще:
A[np.ix_([-1,0,1],[2,3,4])] += np.ones((3, 3))
Надеюсь, это поможет.