Как насчет использования класса Process из Java-кода? А затем читая вывод команды.
Process p = Runtime.getRuntime().exec("wc -l " + yourfilename);
p.waitFor();
BufferedReader b = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
String line = "";
int lineCount = 0;
while ((line = b.readLine()) != null) {
System.out.println(line);
lineCount = Integer.parseInt(line);
}
Нужно попробовать, хотя. Опубликуем результаты.