Перезапуск сервера при добавлении в него нового домена может быть проблематичным.Если когда-либо возникла проблема с записью файла, вы теряете все сайты, и если кешируются данные (я думаю в основном о APC ), вы также теряете полезность кэша.
Если виртуальный хост по умолчанию обрабатывает новые домены, а затем код PHP, действующий в соответствии с $ _SERVER ['HTTP_HOST'], был бы более надежным решением.