Я не знаю ни одного прямого способа сделать то, что вы ищете. Тем не менее, пара альтернатив, которые вы могли бы рассмотреть: во-первых, часто нет причин помещать все в один монолитный файл EDMX. Найдите области, где вы можете использовать несколько файлов edmx для «логической группировки» различных аспектов вашего приложения. Часто это хороший способ разбить вещи на части.
Кроме того, если вы используете последнюю версию EF (EF4), обратите внимание на подход «сначала код». Это вводит интересное «разделение проблем», когда у вас есть классы отображения, посвященные тому, как вы отображаете свои сущности в свою модель, и все это разбивается на их собственные классы, поэтому вы не получите монолитный файл отображения. На самом деле это просто коллекция классов C #.