$(c.node).animate({fill: "#666"}, 2000);
Это анимация jQuery. Очевидно, что jQuery не имеет представления об объектах Raphaël. Вместо этого используйте анимацию Рафаэля:
c.animate({fill: "#666"}, 2000);
Общие советы не трогайте свойства узла, если вы действительно не знаете, что делаете.