Это должно быть возможно сделать с помощью Assembly.Load и этого семейства методов.Если это не сработает, потому что приложению требуются все ссылки заранее (это зависит от того, что происходит во время запуска вашего приложения), возможно, вы могли бы загружать вещи в другом домене приложения и делать это таким образом?
Конечно, нынешний дизайн может предотвратить такие вещи.Что вы пробовали?