Вставляет ли ваш процесс сборки заголовки в исходный код? Если это так, то вы можете увидеть смещение между номерами строк на вашей рабочей станции и номерами на сервере сборки.
Кроме того, вы могли бы изменить процесс сборки, чтобы больше не создавать файлы PDB, давая вам старые номера строк для новых сборок.
К сожалению, поскольку конфигурация CCNet так приспособлена к вашей ситуации, без дополнительной информации диагностировать ее сложно. Я бы порекомендовал сравнить исходный код на диске компьютера сборки с исходным кодом на рабочей станции и выяснить, соответствуют ли сообщенные номера строк точным копиям файлов на сервере.
Вы также можете попробовать принудительно проверить исходный код и удалить все устаревшие результаты сборки.