На какую версию Android вы ориентируетесь? Вы, конечно, знаете, что API Контактов радикально изменился в 2.x ...
Я столкнулся с этой проблемой невидимых контактов, но только на 1.x. Я обнаружил, что решение было добавить во встроенную группу «Мои контакты»:
// Add to the My Contacts group
ContentValues values = new ContentValues();
values.put(GroupMembership.PERSON_ID, contact.mAndroidId);
values.put(GroupMembership.GROUP_ID, 1); // 1 is always the ID of the built-in "My Contacts" group
activity.getContentResolver().insert(GroupMembership.CONTENT_URI,values);
Если вы хотите добавить определенную пользовательскую группу, а не Мои контакты, вам нужно выловить правильный GROUP_ID из таблицы Contacts.Groups
.