Я почти уверен, что вы не можете сделать это. ClickOnce разработан для развертываний без побочных эффектов и не влияет на реестр (за исключением, возможно, для сопоставления файлов) или «Program Files» (с собственным репозиторием).
Я почти уверен, что для этого вам понадобится msi.