Eclipse работает лучше всего, если вы оставите структуру папок проекта для управления. Мы работаем с 15 разработчиками над проектом из нескольких тысяч классов и даже большего количества файлов XML и .properties.
Я согласен, что есть проблемы с интеграцией ANT, поэтому для производственных и ночных сборок я рекомендую внешнюю систему сборки, основанную на сценариях ANT, запущенных из оболочки.
Однако при работе в Eclipse убедитесь, что у вас включена функция автоматической сборки (она должна быть по умолчанию, но проверка не повредит). Это должно освободить вас от любых опасений относительно того, что и когда строить. Иногда (очень редко для меня) возникают проблемы, когда мне приходится выключать автоматическую сборку, очищать все проекты и запускать ручную сборку через меню. Время от времени мне приходится запускать сборку несколько раз (а не очистку!), Но как только все будет собрано снова, включение автоматической сборки снова работает отлично.
Что касается долго работающих экземпляров: моя машина постоянно входит в систему (днем и ночью), и постоянно работает как минимум два экземпляра Eclipse. Я не видел никаких проблем с этими сессиями, даже когда они остаются открытыми буквально недели.
Большинство проблем, с которыми я столкнулся за последние 5 лет использования Eclipse, возникли у людей, устанавливающих слишком много плагинов. Единственное, что я добавил, - это Checkstyle, «плагин для разработчиков» и некоторые проприетарные вещи для инфраструктуры приложений, которую мы используете.
Может быть, вы можете на некоторое время попытаться использовать довольно чистую установку Eclipse «обычным способом» (т. Е. С источниками, импортированными в папку рабочей области).
Относительно NetBeans: я тоже время от времени использую его, но думаю, что это дело вкуса, и мне больше нравится Eclipse. Это может отличаться для вас.