Если у вас есть процесс Java, запущенный с настоящего момента до момента, когда он должен запуститься, посмотрите на Quartz.
Если вам нужно, чтобы процесс Java начинался с нуля, вы должны попросить свою операционную систему вызвать его для вас. Для Linux проверьте команду "at".