если у меня есть плагин, который проверяет код в Eclipse для определенного стандарта / спецификации, возможно ли вызвать этот плагин из командной строки, передавая исходные файлы в качестве аргументов?
Вы можете создать новое безголовое приложение и запустить его через командную строку. Вот простой пример "привет слова".
http://www.developertesting.com/archives/month200508/20050823-HeadlessHelloWorldInEclipse.html
Пример:
java -jar plugins\org.eclipse.equinox.launcher_1.0.0.v20070523.jar -consoleLog -console -nosplash -application Console.ConsoleStatistics file:///c:/temp/test.aaxl
От: https://wiki.sei.cmu.edu/aadl/index.php/Creating_Headless_(Command_Line)_Plugins