Это абсолютно бессмысленно - единственное, что влияет на ваш конечный продукт (и, следовательно, на то, что вы отправляете в Apple), это то, на какой стадии вашей цели появляются различные файлы, и, по моему опыту, они редко оказываются неверными.
Тем не менее, ради чистоты, может быть, стоит решить проблему.Переместите файлы в нужное место *, в результате чего имя файла в XCode станет красным.Выберите Get Info для каждого красного файла и нажмите кнопку «Выбрать», чтобы найти его.
(* если вы используете Subversion, используйте для этого команду svn move
, а не Finder)