Я бы сделал что-то вроде следующего:
Во-первых, установите логический флаг при проверке базы данных
<%
boolean POPUP_FLAG = /*condition check*/
%>
Затем, если ваш код рендеринга, вы можете проверить флаг и включить window.open на странице соответствующим образом
<%
if (POPUP_FLAG) {
%>
<script>
window.open("popup.jsp", "_blank");
</script>
/*
Include here any special details to display on the main page in popup mode
*/
<%
} else {
%>
/*
Include here the normal information you would want displayed when not in popup mode
*/
<%
}
%>