Этот ответ основан на Eclipse 3.4, но должен работать в более старых версиях Eclipse.
При выборе Run As ... перейдите в настройки запуска.
На вкладке «Аргументы» конфигурации запуска Java настройте отображаемую переменную $ {string_prompt} (вы можете щелкнуть переменные, чтобы получить ее, или скопировать, чтобы установить ее напрямую).
Каждый раз, когда вы используете эту конфигурацию запуска (назовите ее так, чтобы она была у вас позже), вам будет предложено указать аргументы командной строки.