JPA «традиционно» ассоциируется с серверами приложений, поскольку JPA является частью спецификации Java EE. Однако это не означает, что отдельные реализации JPA не могут работать вне сервера приложений.
Я лично сделал это с Hibernate, который, возможно, является самой популярной реализацией JPA. Документация по Hibernate дает несколько советов о том, как запускать Hibernate в автономном приложении.