Вам нужно не только проверить изменения, но и знать, что все изменения завершены перед запуском LaTeX. Например, если вы запустите LaTeX после того, как первый файл был изменен, и пока еще ожидаются изменения, вы будете использовать частичные данные, и вам придется повторно запускать их позже.
Дождитесь завершения первой программы:
#!/bin/bash
first-program &&
run-after-changes-complete
Использование && означает, что вторая команда выполняется только в случае успешного завершения первой команды (нулевой код выхода). Поскольку этот простой сценарий всегда будет запускать вторую команду, даже если первая не меняет никаких файлов, вы можете включить ее в любую систему сборки, с которой вы уже знакомы, например, make.