Вы можете разместить каталог Zend Framework где угодно, это не имеет значения.Обычно я помещаю его в общую папку, общую для всех моих проектов.
Пока вы добавляете путь к директории lib Zend Framework в ваш путь включения, вы правы.Все, что находится за пределами каталога lib, предназначено для дополнительных вещей и не должно быть включено в ваше приложение - похоже, именно в этом ваша проблема.