Да.
Инструменты -> Параметры -> Контроль исходного кода -> Visual Studio Team Foundation Server -> Настроить инструменты пользователя .. ->
Добавить «% 5 / ignorespace» к аргументам согласно этому сообщению: Пробелы в Team System Compare Results
[Вы можете запустить diffmerge /?, чтобы увидеть другие варианты]
Несколько лучшим вариантом (IMO) является замена внешнеговстроенного инструмента сравнения с бесплатным инструментом SourceGear DiffMerge или с BeyondCompare.
Если вы решите использовать инструмент SourceGear, то параметры командной строки (начиная с 8/17/ 2011) для Studio 2010:
-caption=%1 -nosplash -ro2 -shex -t1=%6 -t2=%7 %1 %2
Для объединения удалите параметр -ro2 (только для чтения)