Предполагается, что ваши файлы названы примерно так:
001_my_script.sql
002_another_script.sql
003_foo_script.sql
004_bar_script.sql
В командной строке вы можете сделать следующее:
copy *.sql /a my_big_script.sql
И затем запустите полученный файл как один сценарий (через sqlcmd или Management Studio).