Я всегда думал, что это невозможно, используя SOAP-API (как объяснено, например, здесь ).
Но быстро поиск в Google показал, что кто-то явно удалось сделать это с помощью SOAP-API .Вот соответствующий код из сообщения на форуме:
$this->proxy->call($this->session,
'catalog_product_link.assign',
array('configurable',
$newConfigProdId, //This is the product ID of the configurable product
$createdVariants, //This is an array of product IDs of simple products to associate to the configurable product
array(ATTR_ID_COLOR, //This is an array of attribute IDs to create as superAttributes for the configurable product.
ATTR_ID_SIZE //I've defined them as constants...
)
)
);