Поскольку это сервер, к которому никто не может подключиться, я не уверен, что буду слишком беспокоиться о сохранении значков, но если вы действительно хотите удалить их, я не думаю, что есть хороший способ сделать это,Единственный известный мне способ обновления systray - это навести указатель мыши на значки в нем.
Конечно, вы можете написать код, имитирующий перемещение указателя мыши на значках, который должен работать одинаково.Поэтому, поскольку вы не знаете, какой значок обновлять, вам нужно найти системный блок, определить его местоположение и размеры, а затем смоделировать движение мыши по нему.
Здесь статья с примером кода (на C ++, но поскольку она довольно короткая, для этого не должно быть слишком сложно конвертировать ее в C # или аналогичный), если это необходимо.