Примерно так:
<Directory Id="TARGETDIR" Name="SourceDir">
<Directory Id="ProgramFilesFolder">
<Directory Id="MyVendor" Name="MyVendor">
<Directory Id="INSTALLDIR" Name="MyDir">
<Component Id="MyFileId" Guid="...G1...">
<File Id="MyFileId" Name="MyFile" Source="...blabla...\MyFile" KeyPath="yes" >
</File>
</Component>
<DirectoryRef Id="TARGETDIR">
<Component Id="MyFileCopyId" Guid="...G2...">
<RemoveFile Id="MyFileRemoveId" Name="MyFile" On="install" Directory="MyCopyDir" />
<CopyFile Id="MyFileCopyId" FileId="MyFileId" DestinationDirectory="MyCopyDir" />
</Component>
<Feature Id="MyFeature" ... >
<ComponentRef Id="MyFileId" />
<ComponentRef Id="MyFileCopyId" />
Важным элементом Xml является CopyFile. Вам нужно создать новый компонент, который является копией первого (с разными идентификаторами, направляющими, ... конечно). Оба компонента должны быть объявлены в функции.