У меня похожая проблема. Мой URL похож на name.domain.com/subdoamin/store/index.php?...
и мой файл htaccess:
Options +FollowSymlinks
# Prevent Directoy listing
Options -Indexes
# Prevent Direct Access to files
<FilesMatch "\.tpl">
Order deny,allow
Deny from all
</FilesMatch>
#<FilesMatch "\.ini">
#Order deny,allow
#Deny from all
#</files>
# SEO URL Settings
RewriteEngine On
RewriteBase /store/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
#RewriteRule ^(.*)\?*$ index.php?_route_=$1 [L,QSA]
RewriteRule ^(.*) index.php [L,QSA]
однако это дает 404 Not found
ошибку