Вы должны будете сами сравнить их, чтобы быть уверенными, но я думаю, что будет нет разницы. Они оба используют один и тот же код под обложками, а UIView и CALayers работают почти одинаково друг с другом. Вы получите больше производительности, если будете правильно обрабатывать альфа. Сделайте все непрозрачным, что может быть. Чем меньше будет рассчитано с помощью компоновки, тем более отзывчивыми будут ваши анимации.
С уважением.