цвет matplotlib в 3d-графике из набора данных x, y, z без использования контура

Question

За свою жизнь я не могу понять, как получить те же результаты, что и это .

Ссылка генерирует цветной трехмерный график без использования контура. Если я использую ту же технику, но с моим собственным набором данных x, y, z, я получаю только один цвет.

Разница должна быть в том, как я генерирую данные z для графика.

В любом случае, используя это:

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from matplotlib.mlab import griddata
from matplotlib import cm
from matplotlib.ticker import LinearLocator, FormatStrFormatter
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import sys

def xyz_ret(file):
    f = open(file, 'r')

    xyz = []
    for i in f:
        ret = i.replace('\n','')
        xyz.append(map(float,(ret.split('\t'))))

    xyz =  np.array(xyz)   
    return xyz[:,0],xyz[:,1],xyz[:,2]     


x,y,z = xyz_ret('300.txt')

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

xi = np.linspace(min(x), max(x))
yi = np.linspace(min(y), max(y))

X, Y = np.meshgrid(xi, yi)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi)

surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=6, cstride=6, cmap=cm.jet,
        linewidth=0)

ax.set_zlim3d(min(z), max(z))

ax.w_zaxis.set_major_locator(LinearLocator(10))
ax.w_zaxis.set_major_formatter(FormatStrFormatter('%.03f'))

fig.colorbar(surf, shrink=0.5, aspect=5)

plt.show()

Набор данных:

-2187.99902 9380.009151 0.0209
-2187.00111 2474.994061 0.022
-10755.98931 6119.598968 0.0296
-5781.347693 609.427388 0.0301
-8761.562524 1942.391853 0.0285
-5695.576244 1894.624701 0.0251
-3801.215106 1096.153308 0.0257
-1616.821487 2452.940102 0.0182
-5790.547537 2975.622971 0.022
-8095.18467 4074.330871 0.0208
-9997.367785 2771.330212 0.0264
-10547.5635 4397.127096 0.0251
-5781.706776 3984.545588 0.0191
-3346.855289 4347.670408 0.0172
-918.639762 4518.515925 0.0142
-892.428381 5850.710005 0.0143
-5844.499993 6516.904257 0.0204
-10877.96951 6015.755723 0.0265
-10813.37291 7704.306099 0.0302
-7991.878303 7733.626264 0.0223
-5861.073574 8725.943697 0.0217
-3188.107715 6997.19893 0.0206
-897.427629 7474.426336 0.0188
-1388.841321 8786.642046 0.0194
-3370.72325 8825.154803 0.0225
-8561.226722 8851.111988 0.0285
-10275.58972 8849.798032 0.0341
-5853.645621 10113.77051 0.0255
-8101.002878 10754.8429 0.0332
-5765.080546 11378.95524 0.0299
-3081.969839 10549.46676 0.0242

Показан только один цвет. Также обратите внимание, что цветная полоса не имеет галочек.

Можете ли вы объяснить, в чем моя проблема?

Answer 1

Я думаю, что есть проблема с заполнением "прерывистой" поверхности (griddata).

Код:

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from matplotlib import cm
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.mlab import griddata
import numpy as np

fig = plt.figure()
ax = fig.gca(projection='3d')

data = np.genfromtxt('300.txt')
x = data[:,0]
y = data[:,1]
z = data[:,2]

xi = np.linspace(min(x), max(x))
yi = np.linspace(min(y), max(y))

X, Y = np.meshgrid(xi, yi)
Z = griddata(x, y, z, xi, yi)

surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, rstride=5, cstride=5, cmap=cm.jet,
                       linewidth=1, antialiased=True)

ax.set_zlim3d(np.min(Z), np.max(Z))
fig.colorbar(surf)

plt.show()

Обратите внимание, что если вы считаете поверхность над прямоугольной областью (xi x yi), этот код работает правильно. Другими словами, если вы «обрезаете» неровные края.

xi = np.linspace(-4000, -9000)
yi = np.linspace(4000, 9000)

Answer 2

Я только что боролся с подобной проблемой.

Наконец мне пришлось использовать natgrid (на который ссылается здесь , но ссылка не работает) вместоgriddata.

для меня трюк с вырезанием области сюжета не работал, он всегда был одного цвета.

При установке PyNGL убедитесь, что у вас установлена ​​последняя версия numpy.

Удачи

Answer 3

Самый простой способ чтения текстовых данных - через genfromtxt:

data = np.genfromtxt('300.txt')
x = data[:,0]
y = data[:,1]
z = data[:,2]

sys не требуется.