Вы должны прочитать это http://www.php.net/manual/en/features.persistent-connections.php
Постоянные соединения могут быть очень плохими с PHP, так как сам PHP не является постоянным в своей обычной установке. В конечном итоге происходит то, что процессы Apache заканчиваются, оставляя соединения с БД открытыми, но не используемыми. Таким образом, вы в конечном итоге получаете множество подключений к БД, которые ничего не делают. Обычно вы заканчиваете тем, что достигли максимального количества соединений, которые вы установили для mysql.
Обычно, если соединение между вашим веб-сервером и базой данных не очень медленное (и не должно быть), не используйте постоянные соединения. Как бы нелогично это ни звучало.