Из Flex вы можете вызвать удаленный сервис, используя RemoteObject , WebService или HTTPService .
Я не уверен, что вы подразумеваете под "напрямую", но один из них должен работать для вас, в зависимости от реализации вашего уровня обслуживания.
Как вы сейчас пытаетесь общаться между двумя? Во Flex вы указали удаленный URL? Вы были уверены, что включили порт? Если вы используете RemoteObject, порт (и другая информация) обычно определяются в файле service-config.xml.