Как вы запускаете SQL?
Сам по себе SQL не имеет тайм-аута, поэтому то, что вы описываете как проблему, невозможно.
Тайм-аут всегда обрабатывается на уровне подключения / приложения подключения. SQL Server рад, что вызовы SQL длятся часами или днями.
Таким образом, если вы не сделаете что-то «смешное» / необычное, запросы внутри SP не будут истекать - соединение, которое вызывает процедуру, прекратит работу и, таким образом, откат транзакции.